Expression landscape of the genetic hearing loss protein whirlin across human tissues and cell types.
本研究通过整合人类蛋白质组图谱联盟的多组学数据，首次绘制了遗传性耳聋蛋白 whirlin 在人体各组织及细胞类型中的全面表达图谱，揭示了其在内分泌、生殖、神经系统及多种免疫细胞中的广泛分布，为探索其超越听觉和视觉之外的功能提供了重要资源。
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molecular biology
367 篇论文
Synovial fibroblast niche shapes the efficacy - safety dynamics of JAK inhibition in rheumatoid arthritis
该研究通过多队列转录组分析和体外机制研究，证实滑膜成纤维细胞是类风湿关节炎中 JAK 抑制剂的关键作用靶点，并揭示了其通过靶向不同亚群（如 DKK3+、PRG4+ 等）发挥疗效的分子机制，同时阐明了高炎症微环境下的信号通路饱和及 STAT 磷酸化与 JAK 激活的解偶联现象，从而解释了 JAK 抑制剂在难治性患者中疗效受限及停药后快速复发的安全性挑战。
Starvation-induced autophagy occurs independently of the ATG1 complex in Chlamydomonas
该研究发现，在衣藻中，饥饿诱导的自噬过程独立于 ATG1 复合物（包括 ATG1、ATG11、ATG13 和 ATG101）发生，挑战了自噬依赖 ATG1 复合物的经典模型并提示存在替代通路。
Cross-Species Multi-Omics Profiling Identifies Conserved Activated Valvular Interstitial Cell Population Driving Myxomatous Mitral Valve Degeneration
该研究通过跨物种多组学分析，鉴定出一种在人类和小鼠中保守的、位于二尖瓣易损区域的活化间质细胞亚群，其通过驱动纤维化重塑和炎症信号通路导致黏液样二尖瓣退化，从而为治疗原发性二尖瓣反流提供了新的潜在靶点。
Transmembrane domain composition reflects subcellular localization of SNARE proteins
该研究通过统计分析与分子动力学模拟发现，SNARE 蛋白跨膜结构域的氨基酸组成（早期分泌途径富含苯丙氨酸，晚期及内体途径富含异亮氨酸）与其所在细胞器的膜环境特性相适应，从而决定了蛋白的亚细胞定位。
Biological Foundation Models Enable CRISPR Array Detection Without Metagenomic Assembly
该研究提出了一种基于基因组基础模型和参数高效微调技术的 CRISPR 阵列检测新方法，能够直接在原始短读长或长序列数据中识别重复序列和间隔区，有效克服了传统工具在处理未组装宏基因组数据及退化重复序列时的局限性。
In situ cryo-ET of mammalian embryos reveals cytoplasmic lattices contain ubiquitin-charged E2-E3 ligase assemblies
该研究利用原位冷冻电子断层扫描技术解析了小鼠胚胎中细胞质晶格（CPLs）的分子结构，揭示其是由 14 种蛋白组成的巨型泛素连接酶复合物，在早期胚胎发育中通过调控泛素化修饰发挥关键作用。
Uncoupling the TFIIH Core and Kinase Modules Leads To Misregulated RNA Polymerase II CTD Serine 5 Phosphorylation
该研究通过拆分酵母转录因子 TFIIH 的连接亚基 Tfb3 来解偶联其核心模块与激酶模块，发现虽然细胞仍可存活但生长缓慢，且激酶模块无法被正确招募至启动子，导致 RNA 聚合酶 II CTD 的 Ser5 磷酸化异常地扩散至整个转录区域，从而证明 TFIIH 两个模块的偶联对于将激酶活性限制在转录早期阶段至关重要。
Transcriptomic and functional characterization indicate sexual dimorphism of discrete circadian neuron subtypes
该研究通过单细胞转录组分析揭示了果蝇昼夜节律神经元亚型（如 LNds、DN1ps 和 DN3s）存在显著的性别二态性，并发现这种差异主要由细胞粘附分子（如雄性的 dpr9 和雌性的 dpr3）介导，从而在分子和神经回路层面阐明了性激素如何塑造连接昼夜节律时钟与性别特异性行为的特异性通路。
Processing of Reversed Replication Forks is Required for the Resolution of Replication-Transcription Conflicts
该研究通过筛选发现，枯草芽孢杆菌中负责处理钝端 DNA 的 AddAB 复合物（依赖其解旋酶活性而非核酸酶活性）能够解开由转录 - 复制正面冲突引发的逆转复制叉，从而恢复复制叉结构并解决冲突。
Targeted Epigenetic Modulation Outperforms Nuclease- and Deaminase-Based Editing for Durable Pcsk9 Silencing in a Clinically Relevant Delivery System
该研究通过在小鼠模型中系统比较多种基因编辑策略，发现基于 LUNAR 脂质纳米颗粒递送的靶向表观遗传修饰在抑制 PCSK9 方面展现出优于碱基编辑、核酸酶编辑及 siRNA 的持久性和疗效，为长效肝脏靶向治疗提供了概念验证。
Transertion provides evidence for coupling of transcription and translation in Bacillus subtilis
该研究通过成像技术证实，在枯草芽孢杆菌中，膜蛋白基因的转录、翻译与跨膜插入存在功能偶联（即“转译”现象），表明这一调控机制在革兰氏阳性菌和阴性菌之间具有保守性。
PARP1 directly disassembles nucleosomes to regulate DNA repair
该研究揭示 PARP1 通过直接不对称地移除核小体中的组蛋白二聚体形成定向六聚体，从而打开染色质结构以促进 DNA 损伤修复，并发现组蛋白 H2A 的 C 端尾部是这一过程的关键决定因素。
Distinct DAXX effector modules separate H3.3 nucleosome assembly from ERV silencing
该研究揭示 DAXX 蛋白通过两个独立的功能模块分别调控组蛋白 H3.3 的核小体组装与内源性逆转录病毒（ERV）的沉默，其中 DNA 结合能力对 H3.3 沉积至关重要，而 ERV 沉默则主要依赖 C 端 SUMO 相互作用基序招募 SUMO 化抑制因子（如 MORC3），且后者可在不依赖 H3.3 沉积的情况下独立发挥作用。
Advancing Nuclei Isolation from Frozen Human Heart for Single-Nucleus RNA Sequencing Applications
该研究针对冷冻人心脏组织单核 RNA 测序中核分离困难的问题，提出并验证了一种整合多步纯化策略的标准化端到端方案，该方案在保持基因检出质量的同时显著提高了核产量，有助于降低技术变异并提升心脏组织转录组分析的可重复性。
ProAR: Probabilistic Autoregressive Modeling for Molecular Dynamics
本文提出了名为 ProAR 的自回归概率建模框架，通过双网络架构与抗漂移采样策略，有效解决了现有生成模型在分子动力学轨迹生成中无法处理任意长度序列及时间依赖性构象变化的问题，并在长轨迹重建精度与构象变化准确性上显著优于现有最先进方法。
Pirfenidone improves adipose dysfunction and obesity-driven steatohepatitis via mTORC1 signaling
该研究发现，吡非尼酮通过调节 mTORC1 信号通路，在皮下脂肪中抑制脂质生成并促进氧化代谢，在内脏脂肪中抑制纤维化，从而改善肥胖驱动的脂肪性肝炎。
Nuclear speckle protein SON safeguards efficient splicing of GC-rich genes
该研究揭示核斑点蛋白 SON 通过招募 SR 蛋白稳定 U2 snRNP 与 U2AF 在 GC 丰富基因弱剪接位点的结合，从而保障此类基因的高效剪接，并指出 SON 内在无序区的进化扩展对维持这一机制至关重要。
ATM safeguards DNA replication at endogenous base lesions
该研究揭示了 ATM 激酶通过抑制 PRIMPOL 介导的异常重引发并调控复制叉停滞，从而防止自发氧化碱基损伤导致复制后修复缺陷，阐明了 ATM 缺失细胞对 PARP 抑制剂产生合成致死效应的分子机制。
FreeTrace enables fractional Brownian motion-based single-molecule tracking and robust anomalous diffusion analysis
FreeTrace 是一种基于分数布朗运动模型的单分子追踪框架，它通过深度神经网络和解析估计器克服传统方法的局限，实现了对短轨迹的鲁棒异常扩散分析，从而在拥挤的细胞环境中更准确地揭示生物分子的动态行为。